Ο κίνδυνος αποβολής λόγω αμνιοκέντησης είναι περίπου 1% και αυτός είναι ο ίδιος με τον κίνδυνο δειγματοληψίας chorion villus. Εάν επρόκειτο για αποβολή λόγω του τεστ, αυτό θα συμβεί εντός των επόμενων πέντε ημερών.
Ορισμένες μελέτες έχουν δείξει ότι όταν η αμνιοπαρακέντηση πραγματοποιείται πριν από 16 εβδομάδες υπάρχει μικρός κίνδυνος ανάπτυξης μωρού στα πόδια. Για να αποφύγουμε αυτόν τον κίνδυνο, δεν κάνουμε ποτέ αμνιοκέντηση πριν από 16 εβδομάδες.